针对男人婚内出轨且有小孩的情况，法院会依据双方实际情况判决孩子的抚养权。依据《中华人民共和国民法典》规定，判决以最有利于孩子为原则。对于不满两周岁的子女，通常由母亲抚养；已满两周岁的孩子则根据具体情况判决，同时也会尊重八岁以上子女的意愿。
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处理这种问题时，可以选择协议离婚或诉讼离婚。通过协议离婚可快速解决，双方需协商好孩子抚养、财产分割等问题；若协商无果，则可选择诉讼离婚，由法院根据法律进行判决。
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法院将依法处理男人婚内出轨且有小孩的情况，流程包括：确认出轨事实及孩子身份、根据子女年龄和双方抚养条件判决抚养权、依法进行财产分割，同时如果有一方存在过错，可能会影响财产分割和损害赔偿的判决。